秦始皇帝陵园曾被人为破坏，但如今的地形主要是遭到南部山区的洪水之害，使陵园内长期形成并存在着多条河道。
　　
　　从秦始皇帝陵博物院获悉，根据2010年以来的考古勘探调查成果，发现秦始皇帝陵园（尤其是南部）的自然破坏主要来自于多条洪水形成的河道。最具破坏力的是一条由外城东南角进入陵园的河道。它由外城东侧进入陵园，冲刷破坏了陵园外城的东南角，并进入陵园东部，沿东内外城间向北倾泻而下，从而对陵园东部区域的遗迹造成了很大破坏。
　　
　　秦始皇帝陵园考古队队长说，最具破坏力的这条河道的洪水，应当来自骊山北麓最大的山口大水沟。针对山前洪积活动，秦始皇帝陵园在修筑时，专门在山前修建有防洪大堤，以便将这个山口的洪水引向东流。然而，陵园还是毁于这种洪水。